原因は読み込み方式の食い違い
CSVには文字コードを必ず明記する仕組みがないため、保存時と読み込み時の想定が違うと文字化けします。UTF-8のCSVをShift_JISとして開くケースが代表的です。
まず元ファイルを残す
文字化けした状態で上書きすると元の情報を失う場合があります。最初にファイルを複製し、アプリの「データから読み込み」「文字コードを指定して開く」などの機能を使ってUTF-8とShift_JISを試します。
新しい連携
UTF-8を優先国内の旧システム
Shift_JIS指定も確認Excel向けの注意
環境によってはUTF-8 BOM付きCSVの方が自動判定されやすくなります。ただし、受け渡し先のシステムがBOMを許容するか確認してください。